در سال 1861 میلادی فسیلی از جانوری به اندازه‌ی کلاغ را یک کارگر معدن لا به ‌لای سنگ‌های آهک در منطقه‌ی باواریای آلمان پیدا کرد. آرواره‌ی فسیل شده‌ی آن جانور ناشناخته به آرواره‌ی خزندگان شباهت داشت و اگر آثاری از پر در آن فسیل دیده نمی‌شد، با در نظر گرفتن آرواره‌ی منقار مانند اما مجهز به دندان‌های استخوانی، پنجه‌های دارای چنگال و دم استخوانی و درازش، آن را در گروه خزندگان نابود شده جای می‌دادند. اما آن فسیل را آرکئوپتریکس لیتوگرافیکا نام نهادند و آن را نیای پرندگان امروزی دانستند که نزدیک 170 میلیون سال پیش می‌زیسته است. جانورشناسان از سال‌ها پیش به وجود همانندی‌های بین خزندگان و پرندگان پی برده بودند که از جمله می‌توان همانندی‌های ساختاری و کارکردی زیر را نام برد:

1. جمجمه‌ی خزندگان و پرندگان با یک مفصل گوی و کاسه‌ای به نام کندیل پس سری به نخستین مهره‌ی گردن متصل می‌شود.(پستانداران دو کندیل دارند)

2. پرندگان و خزندگان فقط یک استخوان در گوش میانی(از نوع رکابی) دارند.(پستانداران در گوش میانی سه استخوان دارند)

3. آرواره‌ی پایینی در پرندگان و خزندگان از 5 تا 6 استخوان درست شده است.(آرواره ی پایینی پستانداران فقط یک استخوان است)

4. مواد دفعی در پرندگان و خزندگان به صورت اسیداوریک است.(پستانداران اوره دفع می‌کنند)

5. پرندگان و خزندگان تخم‌های زرده‌دار همانندی دارند و جنین اولیه در سطح زرده‌ی آن‌ها در مراحل آغازین تقسیم سلولی دیده می‌شود.(پستانداران چنین تخمی ندارند)

این همانندی‌ها و همانندی‌های کالبدشناختی و تنکارشناختی دیگر باعث شد که توماس هنری هاکسلی، جانورشناس انگلیسی، پرندگان را "خزندگان ستوده شده" بنامد و آن‌ها را همراه با گروهی از دایناسورها به نام تروپودها که برخی ویژگی‌های پرندگان را داشته‌اند، در یک دسته جای دهد و با هم مرتبط بداند. کشف فسیل آرکئوپتریکس نخستین مدرک فسیلی برای نظریه‌ی هاکسلی بود و خیلی زود این جانور به عنوان حلقه‌ی بین خزندگان و پرندگان و به عنوان یکی از "حلقه‌های گمشده"ی داروین پذیرفته شد.

آرکئوپتریکس نام شایسته‌ای دارد که به معنای "پرنده ی قدیمی" است. با وجود این، همانندی آن به پرندگان امروزی بسیار اندک است. این جانور به مانند پرندگان امروزی استخوان‌های توخالی و کیسه‌های هوا نداشته و در آرواره‌های استخوانی و منقار مانند خود، دندان‌های استخوانی داشته است. دنباله‌ی ستون مهره‌های جانور به درون دم دراز آن کشیده شده و آن را نگه می‌داشته است. این جانور پرهایی داشته که به گرم ماندن آن کمک می‌کرده‌اند، اما برای پرواز چندان کارایی نداشته‌اند، زیرا این جانور ماهیچه‌های پروازی چندان نیرومندی نداشته است. در واقع همانندی این جانور به پرندگان به اندازه‌ای اندک است که وقتی چند سال بعد فسیل دیگری از همین جانور کشف شد، به دلیل مبهم بودن آثار پرها و دشواری تشخیص آنُ فسیل را از آن پتروداکتیلی کوچک شمرده بودند و این اشتباه خود نشان می‌دهد که حتی یک متخصص تا چه اندازه ارکئوپتریکس را به خزندگان نزدیک می‌دیده است.

توضیح ساده‌ای که اکنون پذیرفته شده، این است که نیاکان این جانور از درختان بالا می‌رفته‌اند. پرهای این جانداران که از تغییر شکل پولک خزندگان فراهم شده‌اند تا عایقی برای بدن باشند، کم کم بزرگتر شده و سرانجام آرکئوپتریکس را قادر ساخته‌اند تا از شاخه‌ای به شاخه‌ی دیگر پرواز کند و همان کاری را بکند که امروزه سوسمارهای پرنده به کمک پرده‌ی پهلوی بدن خود انجام می‌دهند. آرکئوپتریکس می‌توانسته از درخت بالا برود. یکی از چنگال‌های چهارگانه‌اش روبه عقب و مقابل بقیه قرار می‌گرفته است و در نتیجه، جانور می‌توانسته چیزها‌ را محکم بگیرد. چنگال‌های روی بال‌ها نیز به جانور برای گرفتن شاخه‌ها بسیار کمک می‌کرده اند. بالا رفتن از درختان نه تنها آن‌ها را از شکارچیان بزرگ روی زمین دور می‌کرد، بلکه خوراک خوبی برای آن‌ها از شکار حشره‌ها فراهم می‌شد.

بالا رفتن از درختان باعث نیرومندتر شدن پنجه‌ها شد و کم کم لوب‌هایی بینایی در مغز جانور بزرگ‌تر و در نتیجه بینایی جانور تیزتر شد. مخچه رشد بیشتری کرد تا تعادل جانور بهبود یابد و آرواره‌ها سبک‌تر شدند و کم کم به صورت منقار درآمدند. اما شاید مهم‌تر از همه این بود که زاده‌های این جانوران آرام آرام خون‌گرم شدند و توانستند دمای بدن خود را حفظ کنند. جانور حشره‌خوار خون‌گرم، می‌تواند حشره‌ها را هنگامی که سرد هستند و جنبش اندکی دارند، به سادگی به چنگ آورد. همچنین، خون‌گرم بودن برای جانوری که در محیط پر باد روی شاخه‌ها زندگی می‌کند، برتری بزرگی است. پرها کمک زیادی به حفظ دما می‌کنند و شاید هم به همین دلیل پدید آمده باشند، گرچه پژوهشگران بسیاری بر این باورند که آن‌ها در اصل برای پرواز پدید آمده‌اند