احمدی‌نژاد  6 سال بعد اما با وجود مخالفت ها و انتقادات نسبت به تشکیل هیات نظارت بر قانون اساسی این هیات را تشکیل داد و طی حکمی اعضای آن را منصوب کرد. این اقدام رییس دولت در شرایطی صورت گرفت که شورای نگهبان پیش از ابلاغ رییس جمهور صراحتا مخالفت خود با این مصوبه را اعلام کرده بود. عباسعلی کدخدایی سخنگوی شورای نگهبان در یک نشست خبری گفته بود: نظر شورا در این زمینه همان نظری است که در ادوار گذشته، ‌درباره اقدام مشابه یکی از رؤسای جمهور ‌‌اعلام کرده بود. نظر مخالف شورای نگهبان هنوز به قوت خود با‌قی است و‌ جدیدا در این رابطه بررسی جدیدی انجام نشده است.

در این میان اما دولتی ها با تکیه بر اصل 113 قانون اساسی، نظارت بر این قانون را جز وظایف رییس جمهور عنوان می کردند و این اقدام وی را تلاشی در جهت اجرای قانون اساسی و اقتدار نظام می دانستند.

محمود احمدی‌نژاد نیز با شرکت در  جلسه این هیات به نوعی به آن رسمیت بخشید و تشکیل این هیات را گامی در جهت تبیین قانون اساسی در کشور عنوان کرد. بیست روز بعد هم سایت دولت در اقدامی سوال برانگیز خبر دیدار 15 سال پیش هیات نظارت بر قانون اساسی دوره خاتمی با مقام معظم رهبری منتشر کرد. این ماجرا اما در این مرحله متوقف نشد و احمدی نژاد اینبار نیز بی توجه به انتقادات معاونت اجرای قانون اساسی را تاسیس و آن را را به زیر مجموعه معاونت های ریاست جمهوری اضافه کرد. وی در توجیه این اقدام خود نیز گفت: برخی می گویند چرا دولت در سال آخر مسوولیتش به فکر ایجاد معاونت اجرای قانون اساسی افتاده است و بنده در پاسخ می گویم که اتفاقاً این بهترین زمان برای چنین اقدامی بود. رئیس جمهور که در سال 84 هیات نظارت بر قانون اساسی را منحل کرد در سال 90 آن را مجددا احیا کرد. اما رئیس جمهور می گوید:اگر در سال اول روی کار آمدن دولت این معاونت ایجاد می شد ، این شائبه پیش می آمد که این اقدام برای منافع خود دولت انجام شده است در حالی که امروز این شائبه وجود ندارد و برای همه آشکار است که چنین اقدامی «برای مصالح نظام و کشور» انجام شده است.

اما با گذشت چهار ماه از تشکیل این هیات، امروز شورای نگهبان که پیش از این نیز نظر خود درباره تشکیل این هیات را عنوان کرده بود، در پاسخ به درخواست هیات عالی حل اختلاف و تنظیم روابط قوای سه گانه درباره بررسی اختیارات ریاست جمهوری بر اجرای قانون اساسی، نظر خود را اعلام کرد. در نامه ای که منتشر کرده آورد است: رییس جمهور را موظف به نظارت بر مواردی که قانون اساسی تشخیص برداشت نوع و کیفیت اعمال اختیارات و وظایفی را به عهده مجلس خبرگان رهبری، شورای نگهبان مجمع تشخیص مصلحت نظام، مجلس شورای اسلامی، قوه قضائیه و هر مقام و دستگاه دیگری که قانون اساسی به آنها اختیارات با وظیفه‌ای محول نموده است، نمی دانیم و تشکیلات مرتبط با این قضیه غیر قانونی است.

در ذیل در سلسله مکاتباتی که توسط روزنامه رسمی کشور در این خصوص چاپ شده است، به نقل از فارس آمده است:

حضرت آیت الله خامنه‌‌ای

موضوع ارجاعی اختیارات رئیس مجلس شورای اسلامی در اجرای ذیل اصول 85 و 138 قانون اسای (نامه شماره 11797 مورخ 5/2/91 رئیس جمهور محترم منضم به نامه شماره 20482/1 ک.ذح 12/2/1391 در جلسه مورخ 13/2/91 هیات عالی مورد بررسی قرار گرفت. نتیجه حاصله به شرح ذیل اعلام می‌گردد:

الغاء اثر مصوبات دولت توسط رئیس محترم مجلس شورای اسلامی مبتنی بر قوانین مصوب مجلس است. رئیس جمهور محترم نیز در نامه‌ ارجاعی، پیش بینی چنین اختیاری در قانون عادی را موجب توسعه اختیارات رئیس مجلس در اصول یاد شده و تضییق اختیارات دولت دانسته‌اند. از آنجا که عمده اختلافات و ناهماهنگی‌ها در این زمینه به اختلاف برداشت از اصول یاد شده مربوط می‌شود و با توجه به تاکید بند نخست راهبردهای ابلاغ شده اجرای بند 7 اصل 110 بر استفاده از راه‌هایی مانند تفسیر قانون اساسی برای حل اختلاف و تنظیم روابط قوا، تفسیر شورای نگهبان از اصول 85 و 138 قانون اساسی در این مورد که آیا اصول مذکور اختیار الغاء اثر مصوبات دولت را به رئیس مجلس اعطا می‌کند یا خیر، راه گشا خواهد بود.

چنانچه اعلام نظر هیات عالی در خصوص برداشت از اصول فوق نیز مورد نظر رهبر معظم انقلاب اسلامی باشد متعاقبا اعلام نظر خواهد شد. به همراه این نامه گزارش تفصیلی دبیر خانه هیات عالی تقدیم می‌گردد.

رئیس هیات عالی حل اختلاف و تنظیم روابط قوای سه گانه سید محمود هاشمی شاهرودی."

"حضرت آیت الله جنتی

دبیر محترم شورای نگهبان

نامه شماره 166 مورخ 2/3/91 رئیس محترم هیات عالی حل اختلاف و تنظیم روابط قوای سه گانه در ارتباط با موضوع ارجاعی اختیارات رئیس مجلس شورای اسلامی در اجرای ذیل اصول 85 و 138 قانون اساسی و نتیجه حاصله به استحضار مقام معظم رهبری رسید مرقوم فرمودند:

آیت الله جناب آقای جنتی دبیر محترم شورای نگهبان دامت برکاته

طبق نظر صاحب هیئت عالی حل اختلاف شایسته است آن شورای محترم نظر تفسیری خود را در مورد اصول ذیربط قانون اساسی در این مساله اعلام نماید و السلام علیکم و رحمة‌الله

ضمن ارسال تصور دست خط مبارک معظم له و سوابق مربوط، مراتب برای اقدام مقتضی و اعلام نتیجه ایفاد می‌گردد.

جناب حجت الاسلام والمسلمین آقای محمد گلپایگانی

رئیس محترم دفتر مقام معظم رهبری

عطف به نامه شماره 6082 -1 /م مورخ 3/3/91 مبنی بر اظهار نظر تفسیری در خصوص اصول هشتاد و پنج و یکصد و سی و هشتم قانون اساسی موضوع در جلسه مورخ 10/3/91 شورای نگهبان مورد بحث و بررسی قرار گرفت و نظر شورای به شرح زیر اعلام می‌گردد:

هیات وزیران پس از اعلام نظر رئیس مجلس شورای اسلامی مکلف به تجدید نظر و اصلاح مصوبه خویش است؛ در غیر این صورت پس از گذشت مهلت مقرر قانونی، مصوب مورد ایراد ملغی الاثر خواهد شد.

شماره 46909/31/91

محضر حضرت آیت الله جنتی

دبیر معزز و محترم شورای نگهبان

نظر به اینکه اخیرا پیرامون اصل یکصد و سیزده قانون اساسی مباحثی نزد صاحب نظران و مسئولان کشوری مطرح شده و در جهت اجرایی شدن آن اقدامات چندی انجام گرفته که موجب بروز سؤالات و ابهاماتی در این خصوص شده خواهشمند است دستور فرمایید موضوع در دستور کار شورای محترم نگهبان قرار گیرد تا با تفسیر اصل مزبور به سؤالات ذیل پاسخ داده شود.

1- با عنایت به اصل تفکیک قوا و وجود نهادهای مسئول در قانون اساسی که هر یک سهمی از نظارت و اجرای آن را بر عهده دارند، مقصود از مسئولیت رئیس جمهور در اجرای قانون اساسی چیست؟

2- آیا در مسئولیت اجرای قانون اساسی، رئیس جمهور می‌تواند از ابزارهایی مانند تشکیل نهاد و سازمان خاص برای نظارت و پیگیری عدم اجرای اصول قانون اساسی استفاده کند؟

3- آیا مفهوم مسئولیت اجرای قانون اساسی شامل مسئولیت و پیگیری نقص آن نیز می‌شود؟

شماره 142/47/30/91

عضو محترم حقوقدانان شورای نگهبان

عطف به نامه شماره 46909/31/91 مبنی بر اظهار نظر تفسیری در خصوص اصل یکصد و سیزده 113 قانون اساسی موضوع در جلسه مورخ 31/3/91 شورای نگهبان مورد بحث و بررسی قرار گرفت و نظر شورای به شرح زیر اعلام می‌گردد:

1- مستفاد از اصول متعدد قانون اساسی آن است که مقصود از مسئولیت اجراء در اصل 113 قانون اساسی امری غیر از نظارت بر اجرای قانون اساسی است.

2- مسئولیت رئیس جمهور در اصل 113 شامل مواردی نمی‌شود که قانون اساسی تشخیص برداشت نوع و کیفیت اعمال اختیارات و وظایفی را به عهده مجلس خبرگان رهبری، شورای نگهبان مجمع تشخیص مصلحت نظام، مجلس شورای اسلامی، قوه قضائیه و هر مقام و دستگاه دیگری که قانون اساسی به آنها اختیارات با وظیفه‌ای محول نموده است.

3- در مواردی که به موجب قانون اساسی رئیس جمهور حق نظارت و مسئولیت اجراء ندارد حق ایجاد هیچ گونه تشکیلاتی را هم ندارد.

دبیر شورای نگهبان - احمد جنتی